Le microbiote intestinal, également appelé flore intestinale, est l'ensemble des micro-organismes (archées, bactéries, eucaryotes) qui se trouvent dans le tube digestif des animaux. Cela comprend donc les bactéries de l'intestin et celles de l'estomac. La flore intestinale est un bon exemple de mutualisme : coopération entre différentes sortes d'organismes impliquant un avantage pour chacun.
