La Coupe Intertoto 1999 est la cinquième édition de la Coupe Intertoto organisée par l'Union des associations européennes de football (UEFA). Elle se déroule de juin à août 1999. La compétition est remportée par le Montpellier HSC, la Juventus et West Ham United qui sont ainsi qualifiés pour la Coupe UEFA 1999-2000.