La Coupe Intertoto 1998 est la quatrième édition de la Coupe Intertoto organisée par l'Union des associations européennes de football (UEFA). Elle se déroule du 20 juin au 25 août 1998. La compétition est remportée par le Bologne FC 1909, le Werder Brême et le Valence CF qui sont ainsi qualifiés pour la Coupe UEFA 1998-1999.