La Coupe Intertoto 2000 est la sixième édition de la Coupe Intertoto organisée par l'Union des associations européennes de football (UEFA). Elle se déroule de juin à août 2000. La compétition est remportée par le VfB Stuttgart, l'Udinese Calcio et le Celta Vigo qui sont ainsi qualifiés pour la Coupe UEFA 2000-2001.