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- Un tonneau β est une structure protéique constituée d'un grand feuillet β qui se tord et s'enroule pour former une structure quasi-cylindrique fermée par des liaisons hydrogène. Les feuillets bêta sont généralement arrangés de façon antiparallèle, le premier brin étant lié au dernier par liaisons hydrogène. On trouve plusieurs types de tonneaux β de diamètres variables. Les plus grands permettent de ménager un canal central permettant la fixation ou le passage de petites molécules ou d'ions. D'autres sont plus compacts et ne comportent pas de canal central mais utilisent ce motif au sein de la structure de protéines globulaires, dont ils constituent souvent des domaines structuraux. On trouve ainsi des tonneaux β dans les porines et diverses protéines, (telles des translocases de la membrane mitochondriale interne, ou même au sein de toxines bactériennes comme l'hémolysine) qui s'étendent sur les membranes cellulaires ainsi que dans les protéines qui se lient à des ligands hydrophobes au centre du tonneau, comme les lipocalines. Les structures en tonneau de type porine sont encodées par pas moins de 2 à 3 % des gènes des bactéries à Gram négatif. Un motif en tonneau β compact très commun est le motif dit OB-fold (oligonucleotide-binding fold) qui comporte cinq brins bêta, on le retrouve chez toutes les espèces vivantes et il est présent dans environ 300 protéines codées dans le génome humain. Dans de nombreux cas, les feuillets contiennent des acides aminés polaires et apolaires, de sorte que les résidus hydrophobes sont orientés vers l'intérieur du tonneau pour former un cœur hydrophobe tandis que les résidus hydrophiles sont à l'extérieur du tonneau, au contact du milieu aqueux. Les porines et diverses autres protéines membranaires inversent cette organisation, avec des résidus hydrophobes orientés vers l'extérieur du tonneau au contact de la bicouche lipidique et des résidus hydrophiles orientés vers le pore intérieur. Tous les tonneaux β peuvent être classifiés en fonction deux nombres entiers : le nombre n de brins dans le feuillet β et le « nombre de cisaillement » S, qui mesure le décalage des brins dans les feuillets β. Ces deux paramètres, n et S, sont liés à l'angle d'inclinaison des feuillets β par rapport à l'axe du tonneau. (fr)
- Un tonneau β est une structure protéique constituée d'un grand feuillet β qui se tord et s'enroule pour former une structure quasi-cylindrique fermée par des liaisons hydrogène. Les feuillets bêta sont généralement arrangés de façon antiparallèle, le premier brin étant lié au dernier par liaisons hydrogène. On trouve plusieurs types de tonneaux β de diamètres variables. Les plus grands permettent de ménager un canal central permettant la fixation ou le passage de petites molécules ou d'ions. D'autres sont plus compacts et ne comportent pas de canal central mais utilisent ce motif au sein de la structure de protéines globulaires, dont ils constituent souvent des domaines structuraux. On trouve ainsi des tonneaux β dans les porines et diverses protéines, (telles des translocases de la membrane mitochondriale interne, ou même au sein de toxines bactériennes comme l'hémolysine) qui s'étendent sur les membranes cellulaires ainsi que dans les protéines qui se lient à des ligands hydrophobes au centre du tonneau, comme les lipocalines. Les structures en tonneau de type porine sont encodées par pas moins de 2 à 3 % des gènes des bactéries à Gram négatif. Un motif en tonneau β compact très commun est le motif dit OB-fold (oligonucleotide-binding fold) qui comporte cinq brins bêta, on le retrouve chez toutes les espèces vivantes et il est présent dans environ 300 protéines codées dans le génome humain. Dans de nombreux cas, les feuillets contiennent des acides aminés polaires et apolaires, de sorte que les résidus hydrophobes sont orientés vers l'intérieur du tonneau pour former un cœur hydrophobe tandis que les résidus hydrophiles sont à l'extérieur du tonneau, au contact du milieu aqueux. Les porines et diverses autres protéines membranaires inversent cette organisation, avec des résidus hydrophobes orientés vers l'extérieur du tonneau au contact de la bicouche lipidique et des résidus hydrophiles orientés vers le pore intérieur. Tous les tonneaux β peuvent être classifiés en fonction deux nombres entiers : le nombre n de brins dans le feuillet β et le « nombre de cisaillement » S, qui mesure le décalage des brins dans les feuillets β. Ces deux paramètres, n et S, sont liés à l'angle d'inclinaison des feuillets β par rapport à l'axe du tonneau. (fr)
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