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L’alignement de séquences est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie comme la découverte de gènes et l’analyse phylogénétique. Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de chromosomes, la génomique comparative. Il est maintenant possible de comparer deux organismes vivants à l’échelle de leur génome, de déterminer les gènes qu’ils ont en commun ou qui leur sont propres. Dans le contexte de l’identification sélective de gènes correspondant à des cibles thérapeutiques, en comparant par exemple une bactérie pathogène et une proche cousine non-pathogène, on peut essayer de repérer les gènes impliqués dans la virulence de la souche infectieuse. Ce nouveau domaine d’étude, traite les différents aspects de ce nouveau cha

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  • L’alignement de séquences est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie comme la découverte de gènes et l’analyse phylogénétique. Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de chromosomes, la génomique comparative. Il est maintenant possible de comparer deux organismes vivants à l’échelle de leur génome, de déterminer les gènes qu’ils ont en commun ou qui leur sont propres. Dans le contexte de l’identification sélective de gènes correspondant à des cibles thérapeutiques, en comparant par exemple une bactérie pathogène et une proche cousine non-pathogène, on peut essayer de repérer les gènes impliqués dans la virulence de la souche infectieuse. Ce nouveau domaine d’étude, traite les différents aspects de ce nouveau champ de la connaissance et s’appuie à la fois sur les concepts de la biologie que sur des outils issus de la chimie, de la physique et de l’informatique. L’accélération du séquençage, permise en particulier par l'automatisation des méthodes d’analyse, nécessite un soutien de plus en plus important des technologies de l’informatique. Dans un premier stade, celui-ci est indispensable pour permettre l’assemblage de la « base de données » que constituent les milliers ou millions de fragments de génome. L’informatique est un outil incontournable pour extraire et analyser l’information contenue dans ces gigabases (1 Gbase =10^9 nucléotides) de séquence. Le volume des données à traiter est considérable. En 2002 les banques de séquences rassemblaient plus de 10^11 nucléotides et leur taille augmente exponentiellement. Les techniques d'accélération des comparaisons de génomes sont l’un des axes les plus importants en bio-informatique qui a pour but de remédier à un problème scientifique posé par la biologie « faire ressortir les régions ou séquences homologues ou différentes » ; on parle donc des méthodes de comparaison de deux ou plusieurs séquences de macromolécules biologiques (ADN, ARN ou protéines) les unes par rapport aux autres. (fr)
  • L’alignement de séquences est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie comme la découverte de gènes et l’analyse phylogénétique. Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de chromosomes, la génomique comparative. Il est maintenant possible de comparer deux organismes vivants à l’échelle de leur génome, de déterminer les gènes qu’ils ont en commun ou qui leur sont propres. Dans le contexte de l’identification sélective de gènes correspondant à des cibles thérapeutiques, en comparant par exemple une bactérie pathogène et une proche cousine non-pathogène, on peut essayer de repérer les gènes impliqués dans la virulence de la souche infectieuse. Ce nouveau domaine d’étude, traite les différents aspects de ce nouveau champ de la connaissance et s’appuie à la fois sur les concepts de la biologie que sur des outils issus de la chimie, de la physique et de l’informatique. L’accélération du séquençage, permise en particulier par l'automatisation des méthodes d’analyse, nécessite un soutien de plus en plus important des technologies de l’informatique. Dans un premier stade, celui-ci est indispensable pour permettre l’assemblage de la « base de données » que constituent les milliers ou millions de fragments de génome. L’informatique est un outil incontournable pour extraire et analyser l’information contenue dans ces gigabases (1 Gbase =10^9 nucléotides) de séquence. Le volume des données à traiter est considérable. En 2002 les banques de séquences rassemblaient plus de 10^11 nucléotides et leur taille augmente exponentiellement. Les techniques d'accélération des comparaisons de génomes sont l’un des axes les plus importants en bio-informatique qui a pour but de remédier à un problème scientifique posé par la biologie « faire ressortir les régions ou séquences homologues ou différentes » ; on parle donc des méthodes de comparaison de deux ou plusieurs séquences de macromolécules biologiques (ADN, ARN ou protéines) les unes par rapport aux autres. (fr)
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  • Nature (fr)
  • Cambridge University Press (fr)
  • Hoboken, N.J (fr)
  • Hermes Science (fr)
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  • Proc. Natl. Acad. Sci. (fr)
  • Genome News Network is an editorially independent online,2000 - 2004 J. Craig Venter Institute. (fr)
  • School Of Electrical Engineering and Computer Science,Washington State University, Pullman, USA (fr)
  • Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1 (fr)
  • Bioinformatique et données biologiques (fr)
  • IEEE ComputerSociety (fr)
  • IPDPS (fr)
  • IRISA, Campus de Beaulieu (fr)
  • Institut National des sciences appliquées de Lyon (fr)
  • J. Mol.Biol. (fr)
  • NCBI-Boston: Kluwer Academic (fr)
  • Nucleic Acids Res. 26 (fr)
  • Pfam (fr)
  • Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 85 (fr)
  • Rapport de Travail de Fin d'Etude (fr)
  • Research in Microbiology (fr)
  • Researcharticle (fr)
  • Revue Bioinformatics (fr)
  • Science,1985.227 (fr)
  • Submitted on 2 Feb 2015 (fr)
  • Submitted on 26 Mar 2015 (fr)
  • TU Delft The Netherlands (fr)
  • Université Paul Sabatier France (fr)
  • Université de Mons, Faculté Polytechnique Service d’informatique (fr)
  • Nature 237,Laboratory of Molecular Biology and Laboratory of Physiological Chemistry, State University of Ghent, Belgium (fr)
  • School of Engineering, The University of Edinburgh, Edinburgh,NASA/ESA Conference on Adaptive Hardware and Systems (fr)
  • Département de formation doctorale en informatique École doctorale IAEM Lorraine UFR STMIA (fr)
  • Field-Programmable Technology, 2005. Proceedings. 2005 IEEE International Conference (fr)
  • École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan (fr)
  • Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2007. (fr)
  • l'équipe-projet IBIS,Explorez les sciences du numérique (fr)
  • CNRS - Laboratoire de Probabilités et Modèles Aléatoires, Paris (fr)
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  • Méthode de séquençage Maxam–Gilbert (fr)
  • Méthode de séquençage Maxam–Gilbert (fr)
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  • Conception et mise en œuvre d’algorithmes de sélection de ressources dans un environnement informatique hétérogène multiprocesseur (fr)
  • Calcul intensif sur GPU:exemples en traitement d’images, en bioinformatique et en télécommunication (fr)
  • Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics. (fr)
  • Classification et caractérisation de familles enzymatiques a l’aide de méthodes formelles Gaelle Garet (fr)
  • Modélisation d’un réseau de régulation d’ARN pour prédire des fonctions de gènes impliques dans le mode de reproduction du puceron du pois (fr)
  • Reconfigurable acceleration for Monte Carlo based financial simulation (fr)
  • Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics-Chapter5:Genome Annotation and Analysis (fr)
  • Alignement optimal et comparaison de séquences génomiques et protéiques (fr)
  • A review of DNA sequencing techniques (fr)
  • Basic local alignment search tool (fr)
  • Bioinformatics and functional genomics (fr)
  • Genome Sequencing (fr)
  • Hardware Accelerators for Biocomputing: A Survey (fr)
  • II. Génomique comparative (fr)
  • Improved tools for biological sequence comparison (fr)
  • L’analyse des génomes complets (fr)
  • Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA (fr)
  • Rapid and sensitive protein similarity searches (fr)
  • Cours d'introduction à la bioinformatique et de présentation des banques de séquences.1ère partie (fr)
  • The Prosite database (fr)
  • alphabet de vingt lettres (fr)
  • Nano-informatique et Intelligence Ambiante - Inventer l'Ordinateur du XXIe Siècle (fr)
  • Fluorenscence detection in automated DNA séquence analysis (fr)
  • Recherche de similarités dans les sequences d’ADN : modeles et algorithmes pour la conception de graines efficaces (fr)
  • Génomique : les méthodes de séquençage d'acides nucléiques et l'acquisition des données (fr)
  • Tracking microbial biodiversity through molecular and genomic ecology (fr)
  • fam: multiple sequence alignments and HMM-profiles of protein domains (fr)
  • L’analyse comparée des génomes : applications `a l’identification de nouveaux gènes canins. (fr)
  • An Overview of Hardware-Based Acceleration of Biological Sequence Alignment (fr)
  • Nucleotide Sequence of the Gene Coding for the Bacteriophage MS2 Coat Protein (fr)
  • Étude de l’évolution réductive des génomes bactériens par expériences d’évolution in silico et analyses bioinformatiques (fr)
  • Short-Read Mapping by a Systolic Custom FPGA Computation (fr)
  • Use of genetic Algorithm for analysis of Biological Sequences (fr)
  • Algorithmes et programmes de comparaison de séquences Interprétation des résultats : E-value, P-value (fr)
  • SAMBA: hardware accelerator for biological sequence comparison (fr)
  • L'analyse comparée des génomes : applications à l'identification de nouveaux gènes canins (fr)
  • An FPGA-based Parameterised and Scalable, Optimal Solutions for Pairwise Biological Sequence Analysis (fr)
  • Massively parallel solutions for molecular sequence analysis (fr)
  • Complete genome sequence and comparative analysis of the industrial microorganism Streptomyces avermitilis (fr)
  • multiple sequence alignments and HMM-profiles of protein domains" Nucleic Acids (fr)
  • myGrid: personalised bioinformatics on the information grid (fr)
  • Acceleration of a bioinformatics application using high-level synthesis (fr)
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  • Hirschberg's algorithm (fr)
  • Whole_genome_sequencing (fr)
  • Hirschberg's algorithm (fr)
  • Whole_genome_sequencing (fr)
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  • https:// interstices .info/encart.jsp?id=c_10593&encart=0&size=400,680 (fr)
  • http://biochimej.univ-angers.fr/Page2/COURS/9ModulGenFoncVeg/5MethEtudGenFonc/1MethodeSEQUENGAGE/1SEQUENGAGE.htm|site=biochimej.univ-angers.fr|jour=|mois=|année=2001-2017|consulté le= (fr)
  • http://biochimej.univ-angers.fr/Page2/COURS/9ModulGenFoncVeg/5MethEtudGenFonc/1MethodeSEQUENGAGE/1SEQUENGAGE.htm|site=|jour=|mois=|année=|consulté le=11/2016 (fr)
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20253// website : Bookshelf (fr)
  • http://wwwabi.snv.jussieu.fr/erocha/webthese/genomique.html|site=|jour=|mois=|année=|consulté le=11/2016 (fr)
  • http://biochimej.univ-angers.fr/Page2/BIOINFORMATIQUE/7ModuleBioInfoJMGE/9AlgoProgramme/1ProgAlgo.htm|site=|jour=|mois=|année=2001-2017|consulté le=11/2016 (fr)
  • https:// interstices .info/encart.jsp?id=c_10593&encart=0&size=400,680 (fr)
  • http://biochimej.univ-angers.fr/Page2/COURS/9ModulGenFoncVeg/5MethEtudGenFonc/1MethodeSEQUENGAGE/1SEQUENGAGE.htm|site=biochimej.univ-angers.fr|jour=|mois=|année=2001-2017|consulté le= (fr)
  • http://biochimej.univ-angers.fr/Page2/COURS/9ModulGenFoncVeg/5MethEtudGenFonc/1MethodeSEQUENGAGE/1SEQUENGAGE.htm|site=|jour=|mois=|année=|consulté le=11/2016 (fr)
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20253// website : Bookshelf (fr)
  • http://wwwabi.snv.jussieu.fr/erocha/webthese/genomique.html|site=|jour=|mois=|année=|consulté le=11/2016 (fr)
  • http://biochimej.univ-angers.fr/Page2/BIOINFORMATIQUE/7ModuleBioInfoJMGE/9AlgoProgramme/1ProgAlgo.htm|site=|jour=|mois=|année=2001-2017|consulté le=11/2016 (fr)
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  • Département:Biomathématiques et bio-informatique (fr)
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  • L’alignement de séquences est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie comme la découverte de gènes et l’analyse phylogénétique. Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de chromosomes, la génomique comparative. Il est maintenant possible de comparer deux organismes vivants à l’échelle de leur génome, de déterminer les gènes qu’ils ont en commun ou qui leur sont propres. Dans le contexte de l’identification sélective de gènes correspondant à des cibles thérapeutiques, en comparant par exemple une bactérie pathogène et une proche cousine non-pathogène, on peut essayer de repérer les gènes impliqués dans la virulence de la souche infectieuse. Ce nouveau domaine d’étude, traite les différents aspects de ce nouveau cha (fr)
  • L’alignement de séquences est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie comme la découverte de gènes et l’analyse phylogénétique. Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de chromosomes, la génomique comparative. Il est maintenant possible de comparer deux organismes vivants à l’échelle de leur génome, de déterminer les gènes qu’ils ont en commun ou qui leur sont propres. Dans le contexte de l’identification sélective de gènes correspondant à des cibles thérapeutiques, en comparant par exemple une bactérie pathogène et une proche cousine non-pathogène, on peut essayer de repérer les gènes impliqués dans la virulence de la souche infectieuse. Ce nouveau domaine d’étude, traite les différents aspects de ce nouveau cha (fr)
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  • Techniques de comparaison des génomes (fr)
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