La saison 1958-1959 de la Coupe du Trône est la troisième édition de la compétition. Les équipes se rencontrent sur un match simple. En cas de match nul, le match est rejoué sur le terrain de l'autre équipe. Les FAR de Rabat remportent la coupe au détriment du Mouloudia Club d'Oujda sur le score de 1-0 au cours d'une finale jouée dans le Stade d'honneur à Casablanca. Les FAR de Rabat remportent ainsi la compétition pour la toute première fois de leur histoire.