La Liga Nacional 1998-1999 est la quarante-septième édition de la première division guatémaltèque. Lors de ce tournoi, le CSD Comunicaciones a conservé son titre de champion du Guatemala face aux onze meilleurs clubs guatémaltèques. Chacun des douze clubs participant était confronté deux fois aux onze autres équipes. Puis les six meilleurs et les six derniers se sont affrontés deux fois de plus lors de la seconde phase du championnat. Seulement deux places étaient qualificatives pour la Copa Interclubes UNCAF.