Les 1 000 kilomètres de Fuji 1999 sont une épreuve unique organisée le 7 novembre 1999 sur le Fuji Speedway situé à côté du Mont Fuji. La course a été remportée par l'écurie Nissan Motorsports et par les pilotes Érik Comas, Satoshi Motoyama et Masami Kageyama sur une Nissan R391.