Les 1 000 kilomètres de Fuji 1988, disputées le 9 octobre 1988 sur le Fuji Speedway, ont été la vingt-deuxième édition de cette épreuve et la dixième manche du Championnat du monde des voitures de sport 1988 et la sixième et dernière manche du Championnat du Japon de sport-prototypes 1988.