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L’alignement de séquences est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie comme la découverte de gènes et l’analyse phylogénétique. Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de chromosomes, la génomique comparative. Il est maintenant possible de comparer deux organismes vivants à l’échelle de leur génome, de déterminer les gènes qu’ils ont en commun ou qui leur sont propres. Dans le contexte de l’identification sélective de gènes correspondant à des cibles thérapeutiques, en comparant par exemple une bactérie pathogène et une proche cousine non-pathogène, on peut essayer de repérer les gènes impliqués dans la virulence de la souche infectieuse. Ce nouveau domaine d’étude, traite les différents aspects de ce nouveau cha
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A.Goble Fiddes Hughes López-García Kaiser K Wucher Mahmoudi,Sébastien Frémal, Michel Bagein, Pierre Manneback Sarkar,Turbo Majumder, Ananth Kalyanaraman, Partha Pratim Pande Slocombe Air Wayne Ysebaert D. J. Derrien HasanAl-Ars Zhang J.Robinson W. R. D.J. EV MY Rechenmann Notredame Abbas P,D.Lavenier Heiner Min Jou Bonsai D.Stevens Venter A Dodd Coulson F. Hutchison Matias P Brown B. L. Kist W Smith M.N,K. Benkrid, T. Clayton, C. Ling, and A.T. Erdogan B,Preußer and Oliver Knodel and Rainer G. Spallek Pevsner Ho Conneell Hood T. C. Franca Sanders Kent S.F. Moreira Batut E.W. Barrell Haegeman Sanger Fiers W.R Leong Waldner D.J Ikeda1, Jun Ishikawa, Akiharu Hanamoto, Mayumi Shinose, Hisashi Kikuchi, Tadayoshi Shiba,Yoshiyuki Sakaki, Masahira Hattori1,and Satoshi O ¯mura Tsoi Carrilho B, H.Schroder, and M. Schimmler
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G Altschul Bérénice Miller Isa M Jonathan JRobert Sébastien C.A. M. Bairoch Tarso L.M. Gish Bucher Catherine P.H.W. Souradip Carole C.H. Naeem François Laiq Cédric Sidi Ahmed A.R. Lipman Lilian Koonin K.H. Purificación L.E. Pearson Sonnhammer C. David N.L. Sonnhammer et al al. W. J.Z. Alan Pearson, W.R. & Lipman, D.J. Myers B.G. W Hofmann P. Valentin F Galperin Jean-Baptiste Equipe G.L. Schmidt Thomas P.M. Haruo Kevin C.R. G.M R.J. Guerdoux-Jamet Emanuel S.B.
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Rapport de Travail de Fin d'Etude Submitted on 2 Feb 2015 Revue Bioinformatics Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2007. Nucleic Acids Research Research in Microbiology Nature 237,Laboratory of Molecular Biology and Laboratory of Physiological Chemistry, State University of Ghent, Belgium Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1 TU Delft The Netherlands Genome News Network is an editorially independent online,2000 - 2004 J. Craig Venter Institute. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 85 Université Paul Sabatier France NCBI-Boston: Kluwer Academic Université de Mons, Faculté Polytechnique Service d’informatique Cambridge University Press Bioinformatique et données biologiques IEEE ComputerSociety CNRS - Laboratoire de Probabilités et Modèles Aléatoires, Paris Nucleic Acids Res. 26 Pfam Science,1985.227 IPDPS Département de formation doctorale en informatique École doctorale IAEM Lorraine UFR STMIA Submitted on 26 Mar 2015 School Of Electrical Engineering and Computer Science,Washington State University, Pullman, USA Institut National des sciences appliquées de Lyon Nature Field-Programmable Technology, 2005. Proceedings. 2005 IEEE International Conference Hermes Science l'équipe-projet IBIS,Explorez les sciences du numérique Researcharticle IRISA, Campus de Beaulieu J. Mol.Biol. School of Engineering, The University of Edinburgh, Edinburgh,NASA/ESA Conference on Adaptive Hardware and Systems Hoboken, N.J Proc. Natl. Acad. Sci. 2005 École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan
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Méthode de séquençage Maxam–Gilbert
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Algorithmes et programmes de comparaison de séquences Interprétation des résultats : E-value, P-value myGrid: personalised bioinformatics on the information grid Nano-informatique et Intelligence Ambiante - Inventer l'Ordinateur du XXIe Siècle L'analyse comparée des génomes : applications à l'identification de nouveaux gènes canins Fluorenscence detection in automated DNA séquence analysis Étude de l’évolution réductive des génomes bactériens par expériences d’évolution in silico et analyses bioinformatiques Nucleotide Sequence of the Gene Coding for the Bacteriophage MS2 Coat Protein Calcul intensif sur GPU:exemples en traitement d’images, en bioinformatique et en télécommunication Short-Read Mapping by a Systolic Custom FPGA Computation Basic local alignment search tool II. Génomique comparative 6 multiple sequence alignments and HMM-profiles of protein domains" Nucleic Acids Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics-Chapter5:Genome Annotation and Analysis Massively parallel solutions for molecular sequence analysis An Overview of Hardware-Based Acceleration of Biological Sequence Alignment L’analyse comparée des génomes : applications `a l’identification de nouveaux gènes canins. Acceleration of a bioinformatics application using high-level synthesis Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics. Genome Sequencing fam: multiple sequence alignments and HMM-profiles of protein domains Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA SAMBA: hardware accelerator for biological sequence comparison alphabet de vingt lettres Génomique : les méthodes de séquençage d'acides nucléiques et l'acquisition des données Reconfigurable acceleration for Monte Carlo based financial simulation Cours d'introduction à la bioinformatique et de présentation des banques de séquences.1ère partie Tracking microbial biodiversity through molecular and genomic ecology A review of DNA sequencing techniques Complete genome sequence and comparative analysis of the industrial microorganism Streptomyces avermitilis Bioinformatics and functional genomics Hardware Accelerators for Biocomputing: A Survey Modélisation d’un réseau de régulation d’ARN pour prédire des fonctions de gènes impliques dans le mode de reproduction du puceron du pois Recherche de similarités dans les sequences d’ADN : modeles et algorithmes pour la conception de graines efficaces Improved tools for biological sequence comparison Conception et mise en œuvre d’algorithmes de sélection de ressources dans un environnement informatique hétérogène multiprocesseur L’analyse des génomes complets The Prosite database Rapid and sensitive protein similarity searches Use of genetic Algorithm for analysis of Biological Sequences An FPGA-based Parameterised and Scalable, Optimal Solutions for Pairwise Biological Sequence Analysis Alignement optimal et comparaison de séquences génomiques et protéiques Classification et caractérisation de familles enzymatiques a l’aide de méthodes formelles Gaelle Garet
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Hirschberg's algorithm Whole_genome_sequencing
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L’alignement de séquences est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie comme la découverte de gènes et l’analyse phylogénétique. Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de chromosomes, la génomique comparative. Il est maintenant possible de comparer deux organismes vivants à l’échelle de leur génome, de déterminer les gènes qu’ils ont en commun ou qui leur sont propres. Dans le contexte de l’identification sélective de gènes correspondant à des cibles thérapeutiques, en comparant par exemple une bactérie pathogène et une proche cousine non-pathogène, on peut essayer de repérer les gènes impliqués dans la virulence de la souche infectieuse. Ce nouveau domaine d’étude, traite les différents aspects de ce nouveau champ de la connaissance et s’appuie à la fois sur les concepts de la biologie que sur des outils issus de la chimie, de la physique et de l’informatique. L’accélération du séquençage, permise en particulier par l'automatisation des méthodes d’analyse, nécessite un soutien de plus en plus important des technologies de l’informatique. Dans un premier stade, celui-ci est indispensable pour permettre l’assemblage de la « base de données » que constituent les milliers ou millions de fragments de génome. L’informatique est un outil incontournable pour extraire et analyser l’information contenue dans ces gigabases (1 Gbase =10^9 nucléotides) de séquence. Le volume des données à traiter est considérable. En 2002 les banques de séquences rassemblaient plus de 10^11 nucléotides et leur taille augmente exponentiellement. Les techniques d'accélération des comparaisons de génomes sont l’un des axes les plus importants en bio-informatique qui a pour but de remédier à un problème scientifique posé par la biologie « faire ressortir les régions ou séquences homologues ou différentes » ; on parle donc des méthodes de comparaison de deux ou plusieurs séquences de macromolécules biologiques (ADN, ARN ou protéines) les unes par rapport aux autres.