La saison 2013 des Padres de San Diego est la 45e saison en Ligue majeure de baseball pour cette franchise. Les Padres remettent en 2013 une fiche de 76 victoires et 86 défaites identique à celle de la saison précédente et passent de la 4e à la 3e place dans la division Ouest de la Ligue nationale. C'est une 3e saison perdante consécutive pour la franchise.