La saison 1999 de Super 12 est la quatrième édition de la compétition. Elle est disputée par 12 franchises d'Australie, d'Afrique du Sud et de Nouvelle-Zélande. La compétition débute le 26 février 1999 et se termine le 30 mai 1999 à Christchurch. Elle est remportée par les Crusaders à l'issue d'une finale contre les Highlanders.