La saison 1998-1999 du Montpellier HSC a vu le club évoluer en Division 1 pour la douzième saison consécutive. Les pailladins effectuent une bonne saison, en se situant tout au long de la saison entre la 5e et la 10e place pour terminer finalement à la 8e place de ce championnat où l'équipe aura fait le travail. Éliminé en Coupe de France dès leur entrée en lice, c'est en Coupe de la Ligue que les héraultais brilleront se faisant sortir en demi-finale par le FC Metz au cours d'une rencontre épique (3-4).