La saison 1988-1989 du Quimper Cornouaille Football Club (Quimper CFC) débute le 16 juillet 1988 avec la première journée du Championnat de France de Division 2 (Groupe A), pour se terminer le 13 mai 1989 avec la dernière journée de cette compétition. Le Stade Quimpérois est également engagé en Coupe de France où il atteint de nouveau les seizièmes de finale (éliminé par l'Olympique de Marseille, alors premier de Division 1).