La saison 1986-1987 du Stade Quimpérois débute le 8 août 1986 avec la première journée du Championnat de France de Division 2 (Groupe A), pour se terminer le 23 mai 1987 avec la dernière journée de cette compétition. Le Stade Quimpérois est également engagé en Coupe de France où il atteint le huitième tour (éliminé par le Tours FC).