La représentation des molécules est utilisée en chimie pour décrire la nature et éventuellement la structure des molécules et, par extension, d'autres espèces chimiques. Ces formules et représentations graphiques permettent d'indiquer plus ou moins complètement le nombre et le type d'atomes qui composent une espèce chimique, ses liaisons interatomiques et sa forme dans l'espace. Des représentations spécifiques sont utilisées en chimie organique et en biochimie.