Le refuge faunique national Missisquoi (anglais : Missisquoi National Wildlife Refuge) est un refuge faunique national des États-Unis situé dans l'État du Vermont au sud de la baie Missisquoi, près de la frontière canado-américaine. Le refuge protège le delta de la rivière Missisquoi qui sert d'habitat pour de nombreux oiseaux migrateurs et aussi la héronnière de l'île Shad qui présente la plus grande concentration de Grand Héron au Vermont. Il est administré par le United States Fish and Wildlife Service.