La Médaille Cothenius est un prix scientifique décerné depuis 1792 par l'Académie allemande des sciences Leopoldina à un scientifique pour ses travaux qui ont permis des avancées en médecine. Son nom lui a été donné en hommage à , qui laissa son héritage pour la financer (une somme de 1000 louis d'or). Elle est désormais remise tous les deux ans, et est en or, présentant sur une de ses faces un portrait de Cothenius, ainsi que l'inscription Praemium virtutis salutem mortalium provehentibus sancitum.
