Le Marathon de Boston de 2016 est la 120e édition du Marathon de Boston dans le Massachusetts qui a eu lieu le lundi 18 avril 2016 (Patriots' Day). Organisé par la Boston Athletic Association, c'est le deuxième des World Marathon Majors à avoir lieu en 2016 après le Marathon de Tokyo. L'Éthiopien Lemi Berhanu remporte la course masculine avec un temps de 2 h 12 min 45 s et sa compatriote Atsede Baysa s'adjuge le titre féminin avec un temps de 2 h 29 min 19 s.