Le Marathon de Tokyo de 2016 est la 10e édition du Marathon de Tokyo au Japon qui a eu lieu le dimanche 28 février 2016. C'est le premier des World Marathon Majors à avoir lieu en 2016. L'Éthiopien Feyisa Lilesa remporte la course masculine avec un temps de 2 h 6 min 56 s. La Kényane Helah Kiprop s'impose chez les féminines en 2 h 21 min 27 s.
