La liste des cours d'eau de l'Allier présente les principaux cours d'eau traversant pour tout ou partie le territoire du département français de l'Allier dans la région Auvergne-Rhône-Alpes. Les cours d'eau sont ordonnés selon leur origine naturelle (fleuve, rivières ou ruisseaux) ou artificielle (canaux). Pour chacun d'entre eux sont précisés : sa classe, sa longueur totale, le cours d'eau dans lequel il se jette (confluence), le bassin collecteur auquel il appartient, le nombre de départements et de communes traversés et le nom des communes qu'il irrigue dans le département de l'Allier.
