Le département du Jura est situé en partie sur le massif du Jura qui déborde sur les départements voisins du Doubs et de l'Ain et s'étend le long de la frontière entre la France et la Suisse. Il est limitrophe des départements de la Haute-Saône au nord, du Doubs et du canton de Vaud (Suisse) à l'est, de l'Ain au sud, de Saône-et-Loire et de la Côte-d'Or à l'ouest.
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