La Coupe du Kazakhstan 1999-2000 est la 8e édition de la Coupe du Kazakhstan depuis l'indépendance du pays. Elle prend place du 11 mai 1999 au 6 juillet 2000. Cette édition concerne exclusivement les seize clubs de la première division 1999. La compétition est remportée par le Kaïrat Almaty qui l'emporte face à l'Access-Golden Grain Petropavl à l'issue de la finale pour gagner sa troisième coupe nationale. Ce succès permet au Kaïrat de se qualifier pour la Coupe d'Asie des vainqueurs de coupe 2000-2001.