La Coupe du Kazakhstan 1998-1999 est la 7e édition de la Coupe du Kazakhstan depuis l'indépendance du pays. Elle prend place du 6 mai 1998 au 16 juillet 1999. Cette édition concerne exclusivement les quatorze clubs de la première division 1998. La compétition est remportée par le Kaysar-Hurricane Kyzylorda qui l'emporte face au Vostok-Altyn Öskemen à l'issue de la finale pour gagner sa première coupe nationale. Ce succès permet au Kaysar-Hurricane de se qualifier pour la Coupe d'Asie des vainqueurs de coupe 1999-2000.