La coupe de la Ligue japonaise 1999 est la 7e édition de la Coupe de la Ligue japonaise, organisée par la J.League, elle oppose les 16 équipes de J.League 1 et les 11 équipes de J.League 2 du 7 avril 1999 au 3 novembre 1999. Le vainqueur se qualifie pour la Coupe Suruga Bank.