Le Championnat du Japon de football 1999 est la 34e édition de la première division japonaise et la 7e édition de la J.League. Le championnat a débuté le 6 mars 1999 et s'est achevé le 11 décembre 1999. La mise en place d'un système de relégation simplifié, dans lequel les deux derniers du championnat sont relégués et les deux premiers de J. League 2 promus. Cette année marque également la fin des tirs au but en championnat.