Le Championnat de France de rugby à XIII 1998-99 ou D1 1998-1999 oppose pour la saison 1998-1999 les meilleures équipes françaises de rugby à XIII au nombre de douze du 22 aout 1998 au 22 mai 1999. La finale se déroule à Paris au Stade Charlety, ce qui constitue une première pour le championnat de France, dont les finales se sont toujours déroulées en province.