Le Championnat de France amateur 1999-2000 est la 22e édition du championnat de France de football de quatrième division. Le quatrième niveau du championnat oppose soixante-douze clubs français répartis en quatre groupes de dix-huit clubs, en une série de trente-six rencontres jouées durant la saison de football. Les premières places de chaque groupe permettent de monter en National lors de la saison suivante alors que les trois dernières places de chaque groupe sont synonyme de relégation en CFA 2.