Le bailliage était la charge et le territoire administré par un bailli. Les bailliages francs-comtois étaient eux-mêmes divisés en prévôtés. En 1333, Philippe VI de France crée le Bailliage d'Amont et le bailliage d'Aval ; le bailliage du Milieu (ou de Dole) est le fait de Philippe le Bon en 1422, avec le démantèlement partiel du bailliage d'Aval ; le bailliage de Besançon date de 1676, constitué de parties des bailliages d'Amont et du Milieu. Le comté de Montbéliard ne fait pas partie du comté de Bourgogne.
