Werner Schildhauer, né le 5 juin 1959 à Dessau-Roßlau, est un athlète est-allemand, coureur de demi-fond et de fond. Schildhauer a pris part aux Jeux olympiques d'été de 1980 à Moscou, terminant septième sur 10 000 m. Aux championnats d'Europe de 1982, il remporta l'argent sur 5 000 m et 10 000 m. Il répéta ces performances l'année suivante au niveau mondial.