La compétition de Taekwondo aux Jeux africains de 1999 a enregistré la participation de 17 pays. Elle est remportée par le Lesotho qui a obtenu 5 titres dont 4 chez les femmes. Les épreuves se sont déroulées du 15 au 18 septembre 1999. 137 athlètes (96 hommes et 41 femmes) ont participé à la compétition dirigée par 12 arbitres internationaux.