La saison WNBA 1999 est la 3e saison de la WNBA. La saison régulière se déroule du 10 juin 1999 au 21 août 1999. Les playoffs commencent le 24 août 1999 et se terminent le 5 septembre 1999 avec le dernier match des finales WNBA remporté par les Comets de Houston aux dépens du Liberty de New York 2 manches à 1. Les Comets remportent leur troisième titre consécutif de champion WNBA.