La saison 2012-2013 du Raja Club Athletic est la soixante-quatrième de l'histoire du club. Elle débute alors que les verts se sont classés quatrième du championnat marocain lors de la saison précédente. M'hamed Fakhir commence sa deuxième saison en tant qu'entraîneur du Raja CA après celle de 2010-2011. Le club est par ailleurs engagé en coupe du Trône et en coupe de l'UAFA.