La saison 2012-2013 de la JSM Béjaia, club de football algérien, voit l'équipe évoluer en Ligue 1 pour la 13e fois et aussi en coupe d'Algérie. L'équipe participe également à la Ligue des champions de la CAF pour la 2d fois et à la Coupe de la confédération pour la 3e fois.