La saison 2008-2009 du Montpellier Hérault Sport Club a vu le club évoluer en Ligue 2 pour la cinquième saison consécutive. Au terme d'une saison avec des hauts et des bas, les Pailladins terminent à la deuxième place et accèdent à la Ligue 1 lors de la saison suivante. L'équipe réalise également des parcours honorables en Coupe de France et en Coupe de la Ligue avec notamment quatre victoires après prolongations.