La saison 2003-2004 du FC Nantes Atlantique est la 41e saison d'affilée du club en Ligue 1. Le club nantais termine à la 6e place avec 60 points (pour 17 victoires, 9 nuls et 12 défaites ; 47 buts pour et 35 buts contre). Il atteint les demi-finales de la coupe de France et la finale de la Coupe de la Ligue, où il est battu à l'épreuve des tirs au but.