La saison 1998-1999 du Football Club auscitain est la saison de la remontée dans l’élite élargie à 24 clubs. L'équipe qui évolue cette saison sous les ordres des entraîneurs Henri Broncan et Roland Pujo se maintient dans l'élite et passe trois tours en coupe de France avant d'être éliminé par Bègles comme la saison précédente.