La protéine SOX6 fait partie de la famille des protéines SOX, plus précisément du sous-groupe D avec SOX5 et 13. Cette famille de protéines tire son nom de SRY (Sex determining Region on Y-box). Cette famille a été nommée ainsi à cause du domaine HMG (High Mobility Group) qu’elle possède et qui est très semblable à celui de SRY, le gène codant la différenciation des gonades en testicules chez les embryons mâles. Les SOX sont des facteurs de transcription qui jouent un rôle très important dans l’embryogenèse et dans la destinée des cellules non différenciées.