La paléoprotéomique est l'application de la protéomique (l'analyse des ensembles de protéines) aux matériaux anciens. Les protéomes anciens peuvent être trouvés dans des fossiles, des sédiments, etc. Les protéines apportent moins d'informations que l'ADN, mais présentent l'avantage de se conserver potentiellement bien plus longtemps.
