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- Les matrices de similarité ou matrices de substitution sont des matrices utilisées en bioinformatique pour réaliser des alignements de séquences biologiques reliées évolutivement. Elles permettent de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux acides aminés. Ces matrices, M, sont des matrices 20 x 20 (pour les 20 acides aminés protéinogènes standards) qui recensent l'ensemble des scores M(a,b) obtenus lorsqu'on substitue l'acide aminé a à l'acide b dans un alignement. Plus le score M(a,b) est élevé, plus la similarité entre les deux acides aminés a et b est importante. Il existe plusieurs de ces matrices, basées sur des principes de construction différents. On peut citer les plus fréquemment utilisées :
* Les matrices de Dayhoff, appelées PAM (probability of acceptable mutations), basées sur des distances évolutives entre espèces
* Les matrices de Henikoff, appelées BLOSUM, basées sur le contenu en information des substitutions Dans chaque famille, il existe plusieurs séries de matrices, de stringence variable, et donc plus ou moins tolérantes aux substitutions d'acides aminés. (fr)
- Les matrices de similarité ou matrices de substitution sont des matrices utilisées en bioinformatique pour réaliser des alignements de séquences biologiques reliées évolutivement. Elles permettent de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux acides aminés. Ces matrices, M, sont des matrices 20 x 20 (pour les 20 acides aminés protéinogènes standards) qui recensent l'ensemble des scores M(a,b) obtenus lorsqu'on substitue l'acide aminé a à l'acide b dans un alignement. Plus le score M(a,b) est élevé, plus la similarité entre les deux acides aminés a et b est importante. Il existe plusieurs de ces matrices, basées sur des principes de construction différents. On peut citer les plus fréquemment utilisées :
* Les matrices de Dayhoff, appelées PAM (probability of acceptable mutations), basées sur des distances évolutives entre espèces
* Les matrices de Henikoff, appelées BLOSUM, basées sur le contenu en information des substitutions Dans chaque famille, il existe plusieurs séries de matrices, de stringence variable, et donc plus ou moins tolérantes aux substitutions d'acides aminés. (fr)
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- Les matrices de similarité ou matrices de substitution sont des matrices utilisées en bioinformatique pour réaliser des alignements de séquences biologiques reliées évolutivement. Elles permettent de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux acides aminés.
* Les matrices de Dayhoff, appelées PAM (probability of acceptable mutations), basées sur des distances évolutives entre espèces
* Les matrices de Henikoff, appelées BLOSUM, basées sur le contenu en information des substitutions (fr)
- Les matrices de similarité ou matrices de substitution sont des matrices utilisées en bioinformatique pour réaliser des alignements de séquences biologiques reliées évolutivement. Elles permettent de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux acides aminés.
* Les matrices de Dayhoff, appelées PAM (probability of acceptable mutations), basées sur des distances évolutives entre espèces
* Les matrices de Henikoff, appelées BLOSUM, basées sur le contenu en information des substitutions (fr)
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