Marie-Anne de Bavière, née le 18 décembre 1574 à Munich dans l'électorat de Bavière et morte le 8 mars 1616 à Graz dans le duché de Styrie, est une princesse allemande de la maison de Wittelsbach. Première épouse du futur empereur Ferdinand II du Saint-Empire, elle meurt trois ans avant l'élection de son mari au titre impérial. Elle est la fille du duc Guillaume V de Bavière (1548-1626), et de Renée de Lorraine (1544-1602).