Le Marathon de New York de 2006 est la 37e édition du Marathon de New York aux États-Unis qui a eu lieu le dimanche 5 novembre 2006. C'est le cinquième et dernier des World Marathon Majors à avoir lieu en 2006. Le Brésilien Marilson dos Santos remporte la course masculine avec un temps de 2 h 9 min 58 s. La Lettone Jeļena Prokopčuka s'impose pour la deuxième fois consécutive dans cette épreuve en 2 h 25 min 5 s.
