Cet article présente la liste des zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique des Pyrénées-Orientales. Ce département du Sud de la France, qui s'étend du massif des Pyrénées jusqu'à la mer Méditerranée comprend, en juin 2021, 197 zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) continentales et trois ZNIEFF marines. Certaines de ces zones sont communes avec les départements voisins de l'Aude et de l'Ariège.