La liste des espèces protégées en Midi-Pyrénées est une liste officielle définie par le gouvernement français, recensant les espèces végétales qui sont protégées sur le territoire de la région Midi-Pyrénées, en complément de celles qui sont déjà protégées sur le territoire métropolitain. Elle a été publiée dans un arrêté du 30 décembre 2004.