La Ligue des champions de la CAF 1999 est la 35e édition de la plus importante compétition africaine de clubs. Le club vainqueur de la compétition est désigné champion d'Afrique des clubs 1999. Il s'agit également de la troisième édition sous la dénomination Ligue des champions. Cette édition connait le couronnement du Raja CA pour la troisième fois de son histoire.