Le Grand Prix moto du Japon 1999 est la deuxième manche du championnat du monde de vitesse moto 1999. La compétition s'est déroulée du 23 au 25 avril 1999 sur le circuit de Motegi. C'est la 19e édition du Grand Prix moto du Japon. Il s'agit du dernier Grand Prix moto de Michael Doohan.