GNU MCSim est un logiciel libre de simulation mathématique. Il permet d’implémenter et résoudre des modèles différentiels ou algébriques, d’effectuer pour ces modèles des calculs statistiques d’incertitude ou de sensibilité par la méthode de Monte-Carlo ainsi que des calculs d’inférence bayésienne par le biais de la méthode des chaînes de Markov simulées. Les dernières versions offrent la possibilité de faire de l'intégration thermodynamique et la parallélisation sur plusieurs processeurs.