Cydonia (en grec ancien : Κυδωνία, Kudônía) est une ancienne ville située en Crète (Grèce) dans la région de Néai Kydoníai. Sa localisation actuelle serait le site de la ville actuelle de La Canée. Les restes connus de Cydonia ne sont qu'un petit site archéologique situé à l'est du vieux port vénitien de La Canée.