La saison 1988-1989 de la Coupe du Trône est la trente-troisième édition de la compétition. Le Wydad Athletic Club remporte la coupe au détriment de l'Olympique de Khouribga sur le score de 2-0 au cours d'une finale jouée dans le Complexe Sportif Moulay Abdallah à Rabat. Le Wydad Athletic Club remporte ainsi cette compétition pour la cinquième fois de son histoire.